《国务院办公厅关于保留部分非行政许可审批项目的通知》(国办发〔2004〕62号)第46项：国家农业综合开发项目审批，实施机关：省级以上人民政府财政部门。
《国务院办公厅转发财政部关于加强农业综合开发若干意见的通知》(国办发〔2009〕63号)“二、完善政策。(六)规范开发县管理。按照‘总量控制，适度进出，奖优罚劣，分级管理’的原则，进一步规范国家农业综合开发县管理……”，“四、加强管理。(一)规范资金运行，强化项目管理。……农业综合开发项目实行自下而上逐级申报，根据项目种类或投资规模，分别由国家或省级农业综合开发办事机构组织评估、审定和审批……”;
《国家农业综合开发资金和项目管理办法》(财政部令第60号)第四十三条：“国家农发办主要批复土地治理项目年度实施计划的开发范围、任务及投资额等。省级农发机构根据国家农发办的批复向下批复项目年度实施计划，并报国家农发办备案”。
《国家农业综合开发部门项目管理办法》(国农办〔2011〕169号)第二十二条：“部门项目由基层农口部门会同同级财政部门逐级向上申报。省级农口部门会同同级财政部门对项目可行性研究报告初审后，按申报要求和超过当年投资规模的一定比例，于项目实施年度上一年6月底前联合向中央农口部门申报项目可行性研究报告(属国家农发办评估审定的项目，其可行性研究报告应同时报国家农发办)”。
《农业综合开发中央财政贴息资金管理办法》(财发〔2008〕62号)第十六条：“省级财政部门在规定的贴息额度范围内对各地申报材料进行汇总、审核，对符合要求的，统一填写《农业综合开发中央财政贴息资金项目汇总表》(附表三)，连同申报材料复印件一并上报财政部审定”。
《国家农业综合开发2013年推进现代农业发展实施意见》(国农办〔2013〕92号)
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